Die Veröffentlichung eines "Heilmittels" für Mutanten schreckt die bisher friedlich mit den Menschen lebende Gesellschaft auf. Magneto nimmt das zum Anlaß einen Kriegszug gegen die Menschen zu führen, um endlich die Herrschaft zu erlangen. Doch die X-Men um Professor Xavier versuchen dem Treiben ein Ende zu bereiten, das Gleichgewicht und den Frieden wieder herzustellen.

Vor 20.000 Jahren, während der letzten Eiszeit: Die erste Jagd mit der Elite seines Stammes nimmt für einen jungen Mann ein entsetzliches Ende: Schwer verletzt stürzt er eine Schlucht hinunter und wird von seinen Männern als tot geglaubt zurückgelassen. Als er verwundet und allein wieder zu Bewusstsein kommt, muss er sich augenblicklich der rauen, erbarmungslosen Wildnis stellen, um auch nur die geringste Chance des Überlebens zu haben. Auf seinem Weg begegnet er einem einsamen Wolf, den er unter größtem Widerstand versucht zu zähmen. Langsam nähert sich das ungleiche Paar an und fasst Vertrauen, bis sie sich schließlich gemeinsam den Gefahren und Herausforderungen der skrupellosen Natur stellen - denn der tödliche Wintereinbruch nah!

Captain Kirk, Spock und "Pille" McCoy machen gemütlich Urlaub auf der guten alten Erde; währenddessen geht auf der funkelnagelneuen Enterprise alles drunter und drüber, weil längst noch nicht alles funktioniert wie es soll. Mitten in dieses Chaos platzt ein verrückter Vulkanier namens Sybok, der die Enterprise entführt, um ins Zentrum des Universums vorzudringen. Sein Ziel heißt Shkari, der Planet der hinter den Grenzen liegt, die noch kein Sterblicher überschritten hat. Der fanatische Sybok glaubt fest daran, dass er auf Shakari dem Schöpfer allen Lebens gegenübertreten wird - Sybok sucht Gott. Für Kirk und Co. bedeutet dies der Anfang der erstaunlichsten Reise, die die Enterprise und ihre Besatzung jemals unternommen haben...

Vor Tausenden von Jahren verwüstete eine gewaltige Katastrophe die Erde, doch die Menschheit hat sich ihrer neuen Umgebung längst angepasst. Gigantische Metropolen auf Rädern erhoben sich aus den Trümmern der untergegangenen Zivilisation. Auf der Suche nach den letzten Ressourcen fahren sie über die verdörrte Steppe und verschlingen gnadenlos die kleineren Städte. Zu den großen Metropolen gehört auch London als einer der gewaltigsten rollenden Kolosse. In diesem unerbittlichen Kampf trifft der unscheinbare Tom Natsworthy in einer schicksalshaften Begegnung auf die gefährliche Flüchtige Hester Shaw - zwei Gegensätze prallen aufeinander, zwei Menschen, deren Wege einander nie hätten kreuzen sollen. Sie schmieden eine überraschende Allianz, die über den Fortgang der Menschheitsgeschichte bestimmen könnte.

Die Hündin Bella wurde unter einem verlassenen Haus geboren. Eines Tages greift die Tierfürsorge ein und trennt Bella vom Rest ihrer Familie. Ganz alleine zurückgelassen wird sie von einer Katze adoptiert und kann so ihr Leben unter dem Haus weiterführen. Bis der junge Arzt Lucas auftaucht, der seiner Freundin Olivia die Katzen unter dem Haus zeigen will, in der Hoffnung, sie zu retten. Als die junge Bella aber hervorkommt, entscheidet Lucas, dass er sie mit zu sich nimmt, damit sie seiner Mutter Terri Gesellschaft leistet. Um einem Eichhörnchen hinterherzujagen, entwischt Bella eines Tages aus dem Haus und wird prompt von der Tierfürsorge eingefangen. Damit Lucas Bella behalten kann, ist er nun gezwungen, an den Rand der Stadt zu ziehen, bis es soweit ist, kommt Bella bei Olivias Onkel und Tante in New Mexico unter. Doch Bella vermisst ihren Besitzer sehr und rennt weg. Um ihr Herrchen wiederzufinden, steht Bella nun vor der Aufgabe, eine lange Heimreise anzutreten.

Etwa zehn Jahre nachdem sie es mit dem mächtigen Mutanten Apocalypse aufgenommen haben, sind die X-Men rund um Charles Xavier zu Helden geworden. Doch der damit einhergehende Ruhm steigt dem an den Rollstuhl gefesselten Telepathen zu Kopf, so dass er seine Schützlinge auf immer gefährlichere Missionen schickt. Für ihren jüngsten Auftrag schickt er die X-Men ins Weltall, wo sie verunglückte Astronauten retten sollen. Doch dabei wird ihr Raumschiff von einer Sonneneruption getroffen, die Jean Grey zwar absorbieren und umlenken kann, doch durch die enorme Energie erwacht eine mysteriöse Macht in ihr: die Phoenix Force. Jeans neue Kräfte lassen sich nur schwer kontrollieren und rufen schließlich auch eine außerirdische Gestaltwandlerin auf den Plan, die Jagd auf sie macht...

Obwohl sie als Abtrünnige gelten, kehrt die Mannschaft der U.S.S. Enterprise zur Erde zurück. Sie stellen sich der Anklagen für die Taten, die sie im Laufe von Spocks Rettung begangen haben. Während sie noch im Anflug sind, wird die Erde von einer außerirdischen Sonde verwüstet. Sie verlangt Antwort von einer Lebensform, die nicht länger existiert. Kirk und seine Crew begeben sich an Bord eines gekaperten klingonischen Bird of Prey auf eine Reise durch Raum und Zeit, um die Erde zu retten. Sie entdecken dabei die wahre Bedeutung von Freundschaft wieder.

Spock ist tot! Die Stimmung unter seinen früheren Freunden ist entsprechend gedrückt. Auch Pille nimmt sich den Tod seines liebsten Diskussionspartners schwer zu Herzen, trotzdem verwundert es Kirk sehr, als er ihn in Spocks Kabine ertappt und ausgerechnet er sich genauso wie der tote Vulkanier benimmt. Kirk erfährt von Spocks Vater Sarek, dass Spock versucht haben muss, vor seinem Tod seinen Geist in jemand anderes zu übertragen - in McCoy? Tatsächlich finden Saavik und Kirks Sohn David Marcus, die beide auf dem Planeten Genesis zurückgeblieben sind, Spocks leeren Sarg und entdecken in der Nähe ein vulkanisches Kind ohne Gedächtnis, das rasant heranwächst...

Nachdem die Explosion eines klingonischen Mondes das Imperium in die Knie zwingt, liegt das fremdartige Konzept eines Friedens mit der Föderation in greifbarer Nähe. Ironischerweise soll gerade Admiral James T. Kirk als Botschafter den Frieden aushandeln. Alle Hoffnungen werden jedoch zunichte gemacht, als die Crew der U.S.S. Enterprise beschuldigt wird, einen klingonischen Diplomaten ermordet zu haben. Stattdessen stehen beide Seiten vor einem alles vernichtenden Krieg...

Ohne es zu wissen, landet Chekov auf dem Planeten, auf den Kirk einst Khan verbannte. Der zwingt den Russen, seinen Ex-Captain herzulocken. Zugleich hat Khan es auf das Projekt Genesis abgesehen, das Kirks einstige Liebe Dr. Marcus zusammen mit ihrem gemeinsamen Sohn leitet. Es soll die Schöpfung fruchtbarer Welten auf öden Planeten ermöglichen. Als Kirk mit einer Enterprise voller Neulinge eintrifft, greift ein Föderationsschiff an. Khan führt dort das Kommando...