Nachdem sie ihren größten Feind Shredder in die Schranken gewiesen haben, leben sich die vier Ninja-Turtles zunehmend auseinander. Als der Großindustrielle Max Winters damit beginnt, eine Armee von Monstern um sich zu scharen, muss Meister Splinter seine Schützlinge Donatello, Raphael, Michelangelo und Leonardo wieder vereinen, um nicht nur New York, sondern die ganze Welt zu retten.

Kindgerechte Holzfiguren langweilen Alan, den Sohn eines Spielwarenhändlers. Eines Tages gelingt es ihm, dem Lieferanten der Globotech-Firma deren aktuelle Plastiksoldaten-Prototyp-Kollektion abzuschwatzen. Die Militärpuppen wurden fälschlicherweise mit einem defekten Mikro-Chip ausgestattet und erwachen über Nacht zum Leben. Ihre Mission: die Zerstörung der Gorgoniten, die auch aus dem Hause Globotech stammen. Um deren Herausgabe zu erpressen, nehmen die wildgewordenen Mini-Rambos Alans Freundin als Geisel...