Die coole Heldentruppe um Leonardo und seine Brüder Raphael, Michelangelo und Donatello stellt sich im neuen Blockbuster-Abenteuer natürlich wieder dem Kampf gegen das Böse: Erzfeind Shredder hetzt den Kultschildkröten seine Kampf-Mutanten Bebop und Rocksteady auf den Panzer. Während sich die Turtles in Topform bringen, um es mit Shredder und seiner neuen Gang aufnehmen zu können, stehen sie plötzlich und ohne Vorwarnung einem viel bösartigeren Gegner gegenüber: dem berühmt-berüchtigten Krang. Doch die vier grünen Helden bekommen Unterstützung von Casey Jones, den nur ein Lächeln von April O'Neil in die Knie zwingen kann. Mit vereinter Turtlepower mischen die sechs ihre Gegner mächtig auf - mit noch mehr Witz, Coolness und spektakulären Action-Szenen.

Die humanoiden Schildkröten Leonardo, Michelangelo, Raphael, Donatello und ihr Meister, die humanoide Ratte Splinter, kämpfen gegen den bösen Shredder und seine Armee von Foot Soldiern. Unterstützt werden sie dabei von der furchtlosen Journalistin April O'Neil und ihrem Kameramann Vern Fenwick. Ihre wichtigsten Waffen sind dabei nicht nur ihre Ninja-Ausbildung samt Waffengebrauch, sondern auch ihr Witz und ihre tiefe brüderliche Verbundenheit, sowie die Energie, die sie aus ihrem täglichen Pizzaverzehr ziehen.

Nachdem sie ihren größten Feind Shredder in die Schranken gewiesen haben, leben sich die vier Ninja-Turtles zunehmend auseinander. Als der Großindustrielle Max Winters damit beginnt, eine Armee von Monstern um sich zu scharen, muss Meister Splinter seine Schützlinge Donatello, Raphael, Michelangelo und Leonardo wieder vereinen, um nicht nur New York, sondern die ganze Welt zu retten.