Die Veröffentlichung eines "Heilmittels" für Mutanten schreckt die bisher friedlich mit den Menschen lebende Gesellschaft auf. Magneto nimmt das zum Anlaß einen Kriegszug gegen die Menschen zu führen, um endlich die Herrschaft zu erlangen. Doch die X-Men um Professor Xavier versuchen dem Treiben ein Ende zu bereiten, das Gleichgewicht und den Frieden wieder herzustellen.

Der Forscher Dr. Daniel Winter hat eine Technologie entwickelt, mit der Zeitreisen möglich werden können, doch die US-Regierung stuft die Experimente als zu gefährlich ein und stoppt das Projekt. Um sein Lebenswerk zu retten, entwendet er die Technologie und flieht. Das FBI unter Agent Caleb startet sofort eine groß angelegte Suchaktion, und Winters Name taucht kurz darauf auf der Passagierliste eines Linienflugzeugs auf. Doch als die Regierung den Befehl zur sofortigen Landung geben will, lässt Dr. Winter mit Hilfe seiner Technologie das Flugzeug in einem Zeitloch verschwinden. Der dadurch ausgelöste Welleneffekt droht die Welt zu zerstören. Ein Wettlauf gegen die Zeit hat begonnen.