Eigentlich wollen sie die Hobby-Detektive "die drei Fragezeichen" eine kleine Pause gönnen. Also nutzen sie das Angebot von Peters Vater, der einen Job in Südafrika angenommen hat und die Detektive dorthin mitnehmen will. Doch Justus, Peter und Bob wären nicht die von der Verbrecherwelt gefürchteten drei Fragezeichen, wenn sie in ihren Ferien einfach nur faul in der Sonne herumliegen würden. Demnach ist es kein Wunder, dass die cleveren Jungs bald ihren nächsten Fall zu lösen haben...

Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.

Ausgerechnet während Justus' Geburtstagsfeier in Rocky Beach fällt Justus Jonas, Peter Shaw und Bob Andrews ein mysteriöses Videoband in die Hände, auf dem Justus' verstorbene Eltern zu sehen sind. Mit ihrer Botschaft wollen sie ihrem Sohn den Schlüssel zu einem besonders schwierigen Rätsel übermitteln. Unverzüglich machen sich "Die drei ???" auf den Weg zu dem verlassenen Anwesen des verrückten Erfinders Terrill, das in einem einsamen Wald in Nordkalifornien gelegen ist. Schnell ist klar, dass es dort nicht mit rechten Dingen zugeht und ein Fluch auf dem Haus zu liegen scheint. Doch damit nicht genug: Der verbissene Sheriff Hanson hat es auf die Jungs abgesehen. Und seine übersinnlich veranlagte Tochter Caroline wirft ausgerechnet auf Bob ein Auge und sieht in ihm einen Seelenverwandten aus grauer Vorzeit. Kein Zweifel: Das ist der unheimlichste und verrückteste Fall, den "Die drei ???" jemals zu meistern hatten...

Der Bibelforscher Bachmann wird vor den Augen seiner Tochter Johanna ermordet. Zusammen mit dessen Assistent Simon, einem französischen Religionswissenschaftler, macht sich die junge Polizistin auf die Suche nach dem Mörder ihres Vaters. Dabei stoßen sie auf die Spur des geheimnisvollen Bibelcodes, von dem behauptet wird, dass damit die Zukunft der Menschheit prophezeit werden kann. Verfolgt von dem mächtigen Kardinal Rhades geraten Johanna und Simon im Vatikan in ein Mordkomplott gegen den Papst Doch nicht allein sein Leben ist in Gefahr - Die Existenz der Menschheit steht auf dem Spiel. Um die Pläne des Kardinals zu verhindern, wird es um so dringender, den Schlüssel zum Bibelcode tatsächlich zu finden. In einem Kloster entdecken sie den letzten wichtigen Hinweis, der sie in die israelische Wüste führt. Dort kommt es zu einem gnadenlosen Wettlauf um eines der letzten großen Geheimnisse der Christenheit ...

Eigentlich wollen sie die Hobby-Detektive "die drei Fragezeichen" eine kleine Pause gönnen. Also nutzen sie das Angebot von Peters Vater, der einen Job in Südafrika angenommen hat und die Detektive dorthin mitnehmen will. Doch Justus, Peter und Bob wären nicht die von der Verbrecherwelt gefürchteten drei Fragezeichen, wenn sie in ihren Ferien einfach nur faul in der Sonne herumliegen würden. Demnach ist es kein Wunder, dass die cleveren Jungs bald ihren nächsten Fall zu lösen haben...

Eigentlich wollen sie die Hobby-Detektive "die drei Fragezeichen" eine kleine Pause gönnen. Also nutzen sie das Angebot von Peters Vater, der einen Job in Südafrika angenommen hat und die Detektive dorthin mitnehmen will. Doch Justus, Peter und Bob wären nicht die von der Verbrecherwelt gefürchteten drei Fragezeichen, wenn sie in ihren Ferien einfach nur faul in der Sonne herumliegen würden. Demnach ist es kein Wunder, dass die cleveren Jungs bald ihren nächsten Fall zu lösen haben...