Die Men in Black haben die Erde seit jeher vor dem Abschaum des Universums beschützt. Diesmal sehen sie sich jedoch mit ihrer bisher größten Bedrohung konfrontiert: Einem Maulwurf in ihren eigenen Reihen!

Der Bär Paddington kommt aus Peru und ist ein großer Großbritannien-Fan, da seine Tante Lucy einst einen englischen Abenteurer kennengelernt und ihre Begeisterung an Paddington weitergegeben hatte. Ganz besonders hat es Paddington die englische Marmelade angetan. Nach einem zerstörerischen Erbeben in Peru schmuggelt Lucy den kleinen Paddington auf ein Schiff, das nach England fährt. Lucy vertraut in die Freundlichkeit Fremder und schickt Paddington lediglich mit einem Schild mit der Aufschrift "Bitte kümmern Sie sich um diesen Bären. Danke."? auf die weite Reise.