Im Kampf gegen das Böse kann es nur einen geben: Halbdämon Hellboy! Mit geschärftem Schwert, glutroten Hörnern und legendärer Eisenfaust hat er diesmal eine ganz besonders apokalyptische Mission: Er muss die mächtige Hexe Nimue und das Monster Gruagach stoppen, die zusammen mit einer Reihe weiterer mythischer Wesen, Tod und Zerstörung unter die Menschen bringen wollen. Doch dafür brauchen sie Hellboy. Denn seine Bestimmung war einst, selbst den Weltuntergang zu starten - bis sein Ziehvater Professor Broom ihn auf die gute Seite holte und als Spezial-Agent gegen die Monster dieser Welt einsetzte. Während Hellboy nun von Broom für einen Auftrag nach London geschickt wird, zieht Nimue eine Schneise der Verwüstung durch ganz England. Und plötzlich sehen sich Hellboy und seine Mitstreiter Anna und Ben nicht nur mit einer Armee der Finsternis konfrontiert, sondern auch mit ureigenen Dämonen. Die blutrote Schlacht kann beginnen!

Tief im Wald, im Herzen der Wildnis, tobt seit ewigen Zeiten ein Krieg zwischen den Kräften des Guten und den dunklen Mächten des Bösen, ausgetragen von Schnecken, Vögeln und Insekten, winzigen Waldmenschen und brutalen Kriegern. Die Menschen bekommen nichts von diesen Kämpfen mit. Doch durch einen Zauber wird das junge Teenager-Mädchen Mary Katherine mitten in dieses verborgene Reich transportiert. Mary ist die Tochter eines verrückten Professors, der skurrilen Experimenten und Forschungen nicht abgeneigt ist. Ihr Vater hatte schon immer eine Ahnung, dass die Menschen die Welt nicht alleine bewohnen. In der Welt der Waldbewohner gefangen, gerät Mary Katherine zwischen die Fronten und muss sich mit einem bunt zusammengewürfelten Haufen voller skurriler und fantastischer Wesen zusammentun, um dieses verborgene Reich zu retten - denn davon hängt auch das Schicksal unserer Welt ab.

Früher war Ruslan Drachev ein gefürchteter russischer Mobster, mittlerweile lebt er jedoch zurückgezogen und versucht, seine kriminelle Vergangenheit als Buchautor zu verarbeiten. Umso besorgter ist Ruslan, als er erfährt, dass seine Tochter vorhat, seinen einstigen Erzfeind zu heiraten. Drachev kehrt zurück in seine Heimat New Jersey, um der Feier beizuwohnen, doch zur Hochzeit soll es gar nicht erst kommen, denn noch während der Vorbereitungen sorgt eine Killerbrigade für ein regelrechtes Blutbad. Getrieben von Wut und Hass macht sich Ruslan auf die Suche nach den Veranwortlichen für die Tat, um diese zur Rechenschaft zu ziehen.

Miyagi reist in Daniels Begleitung nach 45 Jahren erstmals wieder in seine Heimat Okinawa, wo er Yukie wieder begegnet, deretwegen er nach Amerika ausgewandert war. Dass Daniel sich in ihre junge Nichte Kumiko verliebt, ruft zwei Feinde auf den Plan, die das Glück der beiden Paare zerstören wollen: Sato, der Mann, den Yukie einst heiraten sollte, und Chozen, sein boshafter Neffe, der von Anfang an Daniel gegenüber Abneigung zeigt. Um ihre Familienehre zu retten, fordern sie sowohl Miyagi als auch Daniel zu einem Duell heraus: Karate in brutalster Form, bei der nur der Sieger überleben wird.