Spock ist tot! Die Stimmung unter seinen früheren Freunden ist entsprechend gedrückt. Auch Pille nimmt sich den Tod seines liebsten Diskussionspartners schwer zu Herzen, trotzdem verwundert es Kirk sehr, als er ihn in Spocks Kabine ertappt und ausgerechnet er sich genauso wie der tote Vulkanier benimmt. Kirk erfährt von Spocks Vater Sarek, dass Spock versucht haben muss, vor seinem Tod seinen Geist in jemand anderes zu übertragen - in McCoy? Tatsächlich finden Saavik und Kirks Sohn David Marcus, die beide auf dem Planeten Genesis zurückgeblieben sind, Spocks leeren Sarg und entdecken in der Nähe ein vulkanisches Kind ohne Gedächtnis, das rasant heranwächst...

Ohne es zu wissen, landet Chekov auf dem Planeten, auf den Kirk einst Khan verbannte. Der zwingt den Russen, seinen Ex-Captain herzulocken. Zugleich hat Khan es auf das Projekt Genesis abgesehen, das Kirks einstige Liebe Dr. Marcus zusammen mit ihrem gemeinsamen Sohn leitet. Es soll die Schöpfung fruchtbarer Welten auf öden Planeten ermöglichen. Als Kirk mit einer Enterprise voller Neulinge eintrifft, greift ein Föderationsschiff an. Khan führt dort das Kommando...

Eine mysteriöse Wolke nähert sich der Erde und zerstört alles, was sich ihr in den Weg stellt. In Anbetracht der drohenden Gefahr entreißt Admiral Kirk dem jungen Captain der soeben renovierten Enterprise, Willard Decker, das Kommando und eilt zusammen mit seiner schnell wieder zusammengefügten alten Crew dem todbringenden Gebilde entgegen. Kirk und seine Crew erfahren, dass die Wolke V'ger heißt und auf der Erde ihren Schöpfer zu finden hofft. Im Alleingang findet Spock dank der vulkanischen Gedankenverschmelzung heraus, dass sich unter der Wolke eine komplexe Maschine verbirgt. Kirk gelingt es, V'ger zu überzeugen, ihn mit ein paar Getreuen in das Innere der Wolke zu lassen. Dort will er ihr Geheimnis lüften.

79 nach Christus: Am Fuß des Vesuvs, einem erloschen geglaubten Vulkan, befindet sich die prächtige Stadt Pompeii. Doch eines schicksalhaften Tages bricht der Vulkan aus und verwandelt die einst blühende Stadt in eine einzige Ascheruine. Der Sklave Milo, der die Katastrophe von einem Schiff aus beobachten konnte, entsagt seinem Herrn Lucretius und macht sich auf, seine große Liebe Cassia und seinen besten Freund zu suchen und mit ihnen zu fliehen.

Eine gigantische Sintflut droht, alles Leben auf der Erde auszulöschen, denn Gott ist zornig! Doch er beauftragt Noah damit, eine Arche zu bauen. Auf ihr soll er das Überleben von Menschheit und Tierwelt sichern, indem er jede Spezies mit jeweils einem Männchen und einem Weibchen an Bord bringt. Während Noah mit seiner Frau Naameh, seinen Söhnen Ham und Shem sowie deren Freundin Ila an die Arbeit geht, droht Gefahr durch andere Menschen. Die wollen sie sich ihren Platz auf dem rettenden Schiff sichern, als sie von Noahs Plan erfahren. Und sie sind bereit, dafür zu töten. Deswegen setzt Noah alles daran, seinen Auftrag zu Ende zu bringen. Dazu braucht es Hoffnung - die schwindet jedoch mit steigendem Wasserpegel...