Manny, Diego und Sid erleben ihr bisher größtes Abenteuer, als ein Kataklysmus gewaltige Stücke ihres Kontinents in den Ozean abdriften lässt. Vom Rest der Herde getrennt, nutzen sie einen Eisberg als notdürftigen Schiffersatz. Dabei begegnen die Freunde allerlei exotischen Meeresbewohnern und bekämpfen rücksichtlose Piraten.

Die Erdoberfläche ist bis zur Unkenntlichkeit zerstört und eine brutale Alienrasse, die sich noch immer in den Trümmern verschanzt, macht den Aufenthalt lebensgefährlich. Nur wenige wagen sich auf den verwüsteten Planeten, um dort wertvolle Artefakte zu sammeln und die Extraktion lebenswichtiger Ressourcen für den Abtransport auf einen der Saturn-Monde zu überwachen, der ein neues Zuhause für die verbliebene Menschheit darstellen soll. Von "Missioncontrol" entsandt, soll auch der Soldat Jack an die Erdoberfläche reisen, um dort die Verteidigungs-Drohnen zu reparieren, welche die Städte vor Alienübergriffen schützen. Dafür muss er seine Frau zurücklassen. Kaum auf der unwirtlichen Erdoberfläche angekommen, trifft er auf eine mysteriöse Astronautin in einer abgestürzten Rettungskapsel. Durch sie stößt Jack auf ein Geheimnis, dass sein gesamtes Weltbild infrage stellt.

Nachdem viele der X-Men gestorben sind und die Allianz der Kämpfer mit den übernatürlichen Kräften aufgelöst wurde, befindet sich Logan aka Wolverine in einer Situation, in der er von der Verantwortung gegenüber seinem alten Team entbunden ist. Auf der Suche nach einem Grund zu leben, begibt er sich in das moderne Japan. Dort trifft er sowohl ihm gut und schlecht gesonnene Menschen und muss sich fragen, wem er trauen kann. Neben Feinden wie Industriellen, Politikern, Frauen und Ninjas trifft er auch auf seinen Erzfeind: Kenuichio Harada, besser bekannt als Silver Samurai. Als Mutant kann er verschiedene Stoffe mit Energie beladen und so mit seinem Samurai-Stahl jede Materie durchdringen. Wolverine entdeckt zum ersten Mal, dass es etwas gibt, das ihn verwundbar macht und stößt an seine körperlichen und emotionalen Grenzen. In einem seiner schwierigsten Kämpfe stellt er sich seiner eigenen Unsterblichkeit.

Beim Versuch in das Unterbewusstsein des Industriellen Saito einzudringen, stoßen Cobb und seine Mitstreiter auf unerwartete Schwierigkeiten. Saito hatte Verteidigungsstrategien gegen den Gedankendiebstahl trainiert und baut nun einen Abwehrriegel auf, doch erst der Verrat eines Kollegen lässt den Versuch scheitern, dem Schlafenden Geheimnisse zu entlocken. Da seine Auftraggeber unbedingten Erfolg gefordert hatten, muss Cobb, der auf Grund einer drohenden Verurteilung nicht mehr in die USA zurück kann, fliehen, doch Saito kommt ihm zuvor. Allerdings nicht um ihn zu bestrafen, sondern um ihm einen Deal vorzuschlagen.

Die beiden Schüler Emma und Dean sind mit dem Schiff auf dem Weg nach Trinidad. Die beiden haben nur wenig gemeinsam, doch während einer Party fällt Emma über Bord. Im Versuch sie zu retten, springt Dean ihr hinter her. Sie werden an eine tropische Insel angespült, wo sie plötzlich voneinander abhängig sind. Obwohl sie anfangs nur Freunde sein wollen, entwickelt sich langsam eine zarte Romanze zwischen Emma und Dean.