Im Jahr 2020 gelingt es einer Gruppe von Astronauten unter Leitung von Luke Graham, zum Mars zu fliegen und erfolgreich auf der Oberfläche des roten Planeten zu landen. Gleich beim ersten Erkundungsgang geraten sie jedoch in einen heftigen unnatürlichen Wirbelsturm, und es gelingt Luke gerade noch einen Hilferuf in Richtung Erde abzuschicken. Dort wird eilig eine Rettungsmannschaft zusammengestellt, die hinterher reisen und nach Überlebenden suchen soll. Mit an Bord auf dem beschwerlichen Flug sind Commander Woody Blake und seine Frau Terri, Co-Pilot Jim McConnell sowie der Techniker Phil Ohlmyer. Als die zweite Raumfähre endlich den Mars erreicht, machen die Astronauten eine unglaubliche Entdeckung.

Als eine Liste mit den Codenamen verdeckter Top-Agenten zum Verkauf angeboten wird, soll ein Team von Spezialagenten den Verräter auf frischer Tat überführen.Cruise spielt den Geheimagenten Ethan Hunt, der miterleben muss, wie seine Kollegen bei diesem Einsatz zu Tode kommen. Bei einem Treffen mit seinem Kontaktmann der CIA erkennt Hunt, daß hinter der Mission ein perfides Doppelspiel steckt. Als Überlebenden wird ihm die Schuld am Tod seines Teams angehängt. Um seine Unschuld zu beweisen, muß Hunt den wahren Maulwurf finden. Ob auf der Flucht vor Killerkommandos der Regierung, beim Eindringen in den Hochsicherheitstrakt der CIA oder gar am Dach eines Hochgeschwindigkeitszuges festgeklammert, Hunt muß alles daransetzen, seinen Verfolgern stets einen Schritt voraus zu sein und der schrecklichen Wahrheit Schritt für Schritt näher zu kommen...