Zehn Jahre, nachdem Skipper, Kowalski, Rico und Private Spaß und abenteuerliche Spezialeinsätze als Lebensziel ausgerufen haben, stehen die vier Pinguine aus dem New Yorker Zoo vor ihrer größten Herausforderung. Oktopus Dave will sich an allen Pinguinen rächen, sie in monströse Kreaturen verwandeln, weil ihm die niedlichen Vögel in jedem Tierpark die Schau stahlen. Doch Dave rechnet nicht mit der souveränen Coolness der Frackträger und der Unterstützung, die sie durch die Superprofis vom Agententeam "Nordwind" erhalten.

Einst war der gestiefelte Kater ein gefeierter Held, bis ihn sein ehemaliger Freund Humpdy Dumpty betrog. Seitdem wird der Kater geächtet und muss seinen Lebensunterhalt mit Diebstählen verdingen. Bis eines Tages sein alter Freund Humpdy wieder auf der Bildfläche erscheint. Zusammen mit der Diebin Kitty Samtpfote, will er ein paar magische Bohnen stehlen und dafür brauchen sie die Hilfe des gestiefelten Katers. Da der Kater dadurch seine Schuld in seinem alten Heimatdorf wiedergutmachen könnte, steigt er bei dem Plan ein. Dafür müssen sie zuerst die magischen Bohnen den zwei Banditen Jack und Jill entwenden, diese sollen nämlich der Schlüssel zu einem magischen Reich voller Schätze sein.

Drei Kinder, viele Freunde und eine Frau, die umsorgt und geliebt werden wollen, lassen dem Oger keine Zeit für alte Zeiten. Da kommt das Angebot von Rumpelstilzchen gerade recht, aber nicht ohne Nebenwirkungen. Einen Tag darf der Oger richtig Shrek-lich sein, doch dafür bekommt Rumpelstilzchen einen Tag aus Shreks Leben. Er wählt den Geburtstag, womit es Shrek nie gegeben hat und das Königreich Weit Weit Weg zu Rumpels düsterem Reich wird. Es sei denn, Shrek kann den Zauber rückgängig machen - in nur einem Tag.

An ihrem Hochzeitstag wird Susan Murphy, die ein ganz normales Leben in Kalifornien führt, von einem Meteor und dessen glibberigem Weltraumschleim getroffen. Dadurch wächst sie auf eine Körpergröße von 15 Metern und wird umgehend vom Militär verhaftet. Auf einem abgelegenen Sicherheitsgelände lebt sie fortan als "Monster" zusammen mit vielen weiteren seltsamen Gestalten. Als die Erde jedoch von Außerirdischen attackiert wird, gibt es nur Möglichkeit die Welt zu retten: Susan muss zusammen mit den anderen Mutanten gegen die Aliens kämpfen.

Königspaar zu sein und ein Reich zu regieren macht keinen Spaß, zumindest den beiden Ogern Fiona und Shrek nicht. Ein Ersatz-Regent muss her. Shrek macht sich zusammen mit Esel und dem Gestiefelten Kater auf die Suche nach dem eigentlichen, aber lustlosen Thronfolger des Landes: Artus. Sobald der gefunden und überzeugt wurde können die beiden Oger zurück in den geliebten Sumpf und sich dort wieder der Ruhe und dem erwarteten Nachwuchs zuwenden. Unterwegs müssen die drei sich wieder durch allerhand Widrigkeiten kämpfen, aber auch Fiona die zu Hause die Stellung hält sieht sich mit Machtkämpfen und Intrigen konfrontiert: Prinz Charming will die Macht im Reich an sich reißen ...