In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Mexiko 1521: Spanier fallen ins Land ein. Doch neben dem Widerstand der aztekischen Ureinwohner, stoßen sie auf einen ganz anderen, unüberwindbaren Feind: einen Tyrannosaurus Rex. Die Bestie dezimiert die Eroberer ebenso wie die Azteken. Den beiden Völkern bleibt keine Wahl: Sie müssen sich zusammenraufen und den Dino zur Strecke bringen.