Keiner kennt die Tiefen der sieben Meere besser als Dokumentarfilmer Steve Zissou, der mit seinem "Team Zissou" das Leben unter Wasser im U-Boot erforscht. Aber Steve hat schon bessere Zeiten erlebt und setzt nun alles auf eine Karte, um sich mit einer aufsehenerregenden und womöglich letzten Expedition einen Platz in der Geschichte zu sichern. Bei seiner letzten Expedition kam Steves Partner Esteban du Plantier ums Leben, weil ihn ein bis dahin unbekannter Jaguarhai angegriffen hat. Diesem seltsamen Geschöpf will Steve nun an den Kragen. Zu seinen Expeditionsteilnehmern gehören der verschrobene Deutsche Klaus Daimler, der Sicherheitsexperte Pelé dos Santos, Anne-Marie Sakowitz, Steves angeblicher Sohn Ned Plimpton und die schwangere Journalistin Jane Winslett-Richardson. Schon kurz nach der Abfahrt häufen sich die Probleme und Steves langjähriger Widersacher Alistair Hennessey macht die Aufgabe auch nicht leichter.

Während die abscheuliche Tante Magda über den Nachthimmel schwebt, kehrt Harry nach Hogwarts zurück, um sein drittes Ausbildungsjahr zu beginnen. Eine haarsträubende Busreise im Fahrenden Ritter bringt ihn zur Winkelgasse, wo er erfährt, dass der flüchtige Sträfling Sirius Black hinter ihm her ist. So beginnt das neue Schuljahr. In Hogwarts lernen Harry und seine Freunde die schwierige Kunst, mit einem Hippogreif umzugehen, die ständig ihre Gestalt verändernden Irrwichte in lustige Formen zu verwandeln und sogar die Zeit zurückzudrehen. Die Seelen aussaugenden Dementoren belauern die Schule und bedrohen Harry, während Der-dessen-Name-nicht-genannt-werden-darf einen Spitzel in der Burg untergebracht hat. Und Harry muss es mit allen aufnehmen.

In einer alternativen Realität, gegen Ende der 1930er Jahre: New York wird von einer Welle von Angriffen durch gigantische Flugroboter überschwemmt, während überall auf der Welt Top-Wissenschaftler verschwinden. Die Reporterin Polly Perkins, die dem mysteriösen Wissenschaftler-Schwund auf den Grund zu gehen versucht, schließt sich mit ihrem Ex Joseph "Sky Captain" Sullivan und der liebreizenden Captain Franky Cook zusammen, um in Nepal dem bösen bösen Dr. Totenkopf das Handwerk zu legen, dessen Ziel - selbstverständlich - die Vernichtung der Welt ist.