Im Jahre 2707 befindet sich die ganze Welt im Krieg. Vier Großkonzerne wollen die Vormachtstellung und somit Zugriff auf die natürlichen Ressourcen der Erde haben. Doch in diesem erbitterten niemals endenden Krieg kommt ein längst verschollener Gegner zurück: "The Machine" - eine aus dem All kommende Tod bringende Maschine, die Menschen in blutrünstige Mutanten verwandelt. Das Schlachtfeld ist schnell übersäht mit Leichen von Soldaten aller Nationen. Die Bruderschaft um Samuel (Ron Perlman), die den verschollenen Ort der Maschine Jahrtausende geheim halten konnte, stellt eine Truppe von Söldner zusammen, die verrückt genug ist zum Herz der Maschine vorzudringen, um diese zu zerstören. Angeführt von Major Mitch Hunter (Thomas Jane) ziehen sie los auf eine Mission ohne Wiederkehr...

Weil die Menschheit die Natur und damit die darin lebenden Fabelwesen zerstört, kündigt Elfenprinz Nuada den seit Ewigkeiten herrschenden Frieden und will die unbesiegbare Goldene Armee in die Schlacht führen. Hellboy und seine Kollegen vom Institut für paranormale Forschung und Verteidigung sind gefordert! Mit Freundin Liz und Fischmensch Abe legt er los. Doch sein Gegner ist unsterblich.