In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Ein enges Band der Freundschaft verbindet den mächtigen Drachen Drogo (Stimme im Original: Patrick Stewart) und König Gareth (Valeriu Bazu). Als der Herrscher schließlich stirbt, bleiben seine beiden Enkelkinder als potentielle Nachfolger zurück: Doch Edric (Tom Rhys Harries) und Meghan (Jessamine-Bliss Bell) bestehen auf den Thron und wollen ihrem Zwilling nicht die Krone überlassen. Um ihren jeweiligen Anspruch durchzusetzen, scheuen sie auch nicht davor, ihre angeborenen Drachenkräfte im Kampf gegeneinander einzusetzen. Als dann jedoch die Machtquelle von Drago, das sogenannte Heartfire (die Kraft des Feuers), gestohlen wird, ist der Geschwisterzwist vergessen, denn plötzlich droht der Untergang des gesamten Königreiches. Meghan und Edric müssen ihre Kräfte vereinen, um das Unheil abzuwenden.