In einer Welt der Zukunft, in der die Erde von Aliens bedroht wird, sucht das internationale Militär verzweifelt nach einem militärischen Genie, dem es gelingen kann, die überlegene Flotte des übermächtigen Gegners zu besiegen. Dazu rekrutiert Commander Mazer Rackham potentielle Kandidaten bereits im Kindesalter, um sie in einer Militärschule im All isoliert auf den Kampf gegen die Außerirdischen vorzubereiten. Trainiert werden die Kinder vom hochdekorierten Colonel Hyrum Graff, der immer auf der Suche nach einem würdigen Nachfolger für den legendären Commander Mazer Rackham ist.

Es soll lediglich eine Eskorte gefährlicher Sprengköpfe sein, die alles zerstörende Nano-Roboter beinhalten, doch für Captain Hauser und seinen Armeekollegen Weems kommt die Terrororganisation Cobra in die Quere, die nach der Weltherrschaft greift. Die brandgefährliche Baroness versucht im Auftrag des gemeingefährlichen "Doctor", die Sprengköpfe als Druckmittel in die Finger zu bekommen, als eine Spezialeinheit namens "G.I.Joe" unter der Führung von General Clayton "Hawk" Abernathy in letzter Minute eingreift. Einmal in Kontakt mit der Gruppe sehen Hauser und Weems in der mit neuester Kampftechnik ausgestatteten Gruppe eine ganz große Chance und bemühen sich um Beitritt zur Eliteeinheit...