Paris, der schwer verliebte Prinz von Troja, verschleppt die spartanische Königsgemahlin Helena in seine Heimat. Der spartanische König Menelaos kann diese Beleidigung nicht hinnehmen. Unter der Leitung von seinem Bruder Agamemnon, dem mächtigen König von Mykene, schließen sich weitere griechische Könige zusammen, um Troja zu vernichten, darunter auch der berühmteste Krieger Achilles. Das Hauptmotiv von Agamemnon ist nicht die Ehre seines Bruders wiederherzustellen, sondern seine Habgier: der Fall von Troja würde für ihn einen großen Sieg bedeuten und die Vorherrschaft seines bereits riesigen Reiches sichern. Unter der Führung des gewaltigen Prinz Hektor halten aber Trojas Mauern besser stand als von den Griechen geplant...

Callum Lynch soll wegen Mordes hingerichtet werden, doch kurz bevor das Urteil vollstreckt wird, kommt er im Auftrag der Firma Abstergo Industries in die Einrichtung der Wissenschaftlerin Sophia Rikkin nach Madrid, wo Menschen mit hohem Gewaltpotenzial geheilt werden sollen. Nur wenig später erfährt Callum jedoch, dass hinter der Organisation des Generaldirektors Alan Rikkin die moderne Inkarnation des Templerordens steckt. Die Templer wollen den legendären Apfel Edens finden, um damit den freien Willen der Menschheit zu steuern - und Callum soll ihnen dabei behilflich sein. Mittels einer Maschine durchlebt er die Erinnerungen seines Vorfahren Aguilar de Nerha, einem Assassinen zur Zeit der Spanischen Inquisition. Doch während er in der Vergangenheit seine Mission ausführt, erlernt Callum immer mehr Fähigkeiten, die er in der Gegenwart gegen die Templer einsetzen kann...