Nachdem Dr. Ben Gates das Geheimnis der Unabhängigkeitserklärung entschlüsselt hat, wartet schon das nächste Abenteuer auf ihn und seine Mitstreiter Abigail Chase und Riley Poole. Als man eine Seite eines verlorenen Buches findet, taucht darin der Name Thomas Gates als Verschwörer auf, der mitverantwortlich für das Attentat auf Präsident Abraham Lincoln sein soll. Sein Großvater ein Mörder? Ben muss die Wahrheit suchen.

Auf einer versteckten Insel befindet sich das Hauptquartier der "Thunderbirds", die stets immer dann helfend eingreifen, wenn die Welt in Gefahr ist. Hinter den Thunderbirds verstecken sich Jeff Tracy und seine fünf Kinder, die mit speziell aufgerüsteten Autos, Booten, Flugzeugen und anderen Technologien der Zukunft für die Erde streiten. Doch jetzt hat es Aristotle Spode alias "The Hood", ein gefürchtetes Verbrechergenie auf die Thunderbirds abgesehen. Mittels eines raffinierten Plans will er sie trennen, um die Insel ihrer Geheimnisse in seine Gewalt zu bringen ...