Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.

Nachdem Dr. Ben Gates das Geheimnis der Unabhängigkeitserklärung entschlüsselt hat, wartet schon das nächste Abenteuer auf ihn und seine Mitstreiter Abigail Chase und Riley Poole. Als man eine Seite eines verlorenen Buches findet, taucht darin der Name Thomas Gates als Verschwörer auf, der mitverantwortlich für das Attentat auf Präsident Abraham Lincoln sein soll. Sein Großvater ein Mörder? Ben muss die Wahrheit suchen.