2065: Nach dem Einschlag eines Meteors überschwemmen bösartige Aliens die Erde. Die Wissenschaftlerin Dr. Aki Ross birgt die letzte Hoffnung für die Menschheit. Unterstützt durch ihren Mentor Dr. Sid und die Soldatentruppe "Deep Eyes", unter Führung von Captain Gray Edwards, kämpft Dr. Ross nicht nur gegen die Aliens, sondern auch gegen General Hein, der auf eigene Faust versucht die Welt vor dem Untergang zu bewahren ...

Bei einem UNO-Treffen wird der chinesische Botschafter Wu ermordet. Die unfassbare Tat könnte zum Stolperstein für ein wichtiges Handelsabkommen mit China werden, zumal noch andere Gewalttaten für Missstimmung gesorgt haben. FBI-Agent Neil Shaw gerät zu Unrecht in Verdacht, der Mörder des Botschafters zu sein. Er befreit sich aus dem Gewahrsam, um auf eigene Faust nach den waren Hintermännern zu suchen. Bei seinen Ermittlungen stößt er auf eine Verschwörung, deren Ausmaße immer unübersichtlicher werden. Die Dolmetscherin Julia Fang (Marie Matiko) unterstützt ihn bei den Bemühungen, die Gefahren für die Sicherheit der Welt abzuwehren. Aber ihre Gegner wollen mit aller Macht verhindern, dass der perfide Plan zur Zerstörung der UNO aufgedeckt wird. Shaws und Fangs Leben ist in Gefahr.