Die eigentlich recht wehrhafte Elite-Einheit G.I. Joe wird von einer höheren Instanz attackiert und soll vollständig ausgelöscht werden. Bei der perfide geplanten Liquidierungsaktion sterben viele Mitglieder der kampferprobten Elite-Einheit. Nur eine kleine Runde rund um Captain Duke Hauser, den zupackenden Roadblock und die verführerische Lady Jaye überleben den tödlichen Übergriff und gehen der Sache fortan auf den Grund. Unterstützung erhalten sie dabei von dem zwar etwas in die Jahre gekommenen, aber immer noch recht schlagfertigen General Joe Colton, seines Zeichens ehemaliger Gründer der Elite-Einheit G.I. Joe.

Sean hat viel erlebt. Nachdem er bereits mit seinem Onkel zum Mittelpunkt der Erde reiste, steht nun die nächste Reise an. Zusammen mit seinem Stiefvater in spe, Hank Parson, hat es sich Sean zur Aufgabe gemacht, eine mysteriöse Insel zu finden, von der sein verschollener Großvater stets erzählt hat. Zusammen machen sie sich auf den Weg, die Spur eines Funkspruchs zu verfolgen. Schon bald stoßen die hübsche Kailani und der Pilot Gabato der Reisegemeinschaft hinzu, denn ohne fremde Hilfe würden Sean und Hank nicht weit kommen. Bevor sie gemeinsam mit einem Helikopter zum Ort des abgegebenen Funkspruchs fliegen können, werden sie von einem Unwetter zur Notlandung gezwungen. Glücklicherweise finden sie sich am Strand einer Insel wieder - Der geheimnisvollen Insel. Doch die atemberaubende Schönheit der Insel täuscht. An vielen Ecken lauern Gefahren, die die kleine Gruppe vor ganz neue Herausforderungen stellen.

Der amerikanische Astronaut Captain Charles "Chuck"? Baker denkt, er wäre der erste Mensch, der einen Fuß auf den Planeten 51 setzt. Zu seiner Überraschung muss er feststellen, dass der Planet von kleinen grünen Männchen bewohnt wird, die ein glückliches Leben mit Barbecue-Partys und weißen Lattenzäunen führen, das an das fröhliche und unschuldige Amerika der 1950er erinnert. Ihre einzige Angst ist, dass sie von außerirdischen Eindringlingen überfallen werden - Eindringlingen wie Chuck! Mit der Hilfe seines Roboterkameraden "Rover"? und seinem neuen Freund Lem, muss sich Chuck seinen Weg durch die schillernde und verwirrende Landschaft von Planet 51 bahnen, um dem Schicksal zu entkommen, ein Ausstellungsobjekt im "Weltall-Museum der außerirdischen Eindringlinge"? auf Planet 51 zu werden.

Taxifahrer Jack Bruno kutschiert den lieben langen Tag Touristen den Las Vegas Strip rauf und runter. Das Ziel ist immer das gleiche: Planet Hollywood. Der Ex-Häftling, der früher für den hiesigen Mafia-Boss Autorennen bestritt, langweilt sich dabei zwar zu Tode, ist jedoch entschlossen auf dem rechten Weg zu bleiben. Eines Tages steigen zwei blonde Teenager in Jacks Taxi und drücken ihm 15.000 Dollar in die Hand, damit er sie zum "Witch Mountain", dem titelgebenden magischen Berg, bringt.

Der Kopfgeldjäger Beck ist der richtige Mann für schwere Fälle, die zumeist in der Aufgabe bestehen, Gelder für seinen Boß einzutreiben. Der Plan, endlich auszusteigen und sein eigenes Restaurant aufzumachen, wird ihm jedoch verwehrt, um einen letzten Auftrag zu erfüllen. Er soll Travis, den Sohn seines Bosses aus dem Amazonasgebiet abholen, der dort unten nach Schätzen sucht. Das Aufstöbern ist kein Problem, nur will Travis nicht unbedingt wieder zurück, denn ein kostbares Artefakt ist zu finden, den Schlüssel zu einer Art Eldorado. Hinter dem ist auch Travis' Boß Hatcher her, der es gar nicht gern sieht, wenn Travis sich mit dem Fund verdrücken würde. Alsbald ist die Jagd auf die beiden eröffnet und im Amazonasdschungel herrscht dicke Luft, damit die beiden heil aus der Sache wieder herauskommen...