Nachdem Dr. Ben Gates das Geheimnis der Unabhängigkeitserklärung entschlüsselt hat, wartet schon das nächste Abenteuer auf ihn und seine Mitstreiter Abigail Chase und Riley Poole. Als man eine Seite eines verlorenen Buches findet, taucht darin der Name Thomas Gates als Verschwörer auf, der mitverantwortlich für das Attentat auf Präsident Abraham Lincoln sein soll. Sein Großvater ein Mörder? Ben muss die Wahrheit suchen.

Im Jahr 2058 sind die lebensnotwendigen Ressourcen der Erde beinahe aufgebraucht. In einer verzweifelten Rettungsaktion wird die Familie Robinson an Bord des Raumschiffes Jupiter 2 auf die zehnjährige Reise zum Planeten Alpha Prime geschickt, um dort ein "Hypergate" zu installieren, das der Menschheit die problemlose Übersiedlung in eine rettende Galaxie garantieren soll. Doch kurz vor dem Start gelingt es John Robinsons ewigem Kontrahenten Dr. Smith, die Computer des Shuttles zu manipulieren. Er hat nämlich ganz andere Pläne...