Merlin, der große Zauberer, ist nach Camelot zurückgekehrt. Begleitet von Jack, einem jähzornigen jungen Bettler und Dieb voll ungebändigter Magie, zieht Merlin in den Kampf gegen unbekannte Gefahren - um den Gral zu finden, ihn an seinen rechtmäßigen Platz zurückzubringen und damit Camelot wieder zu seinem alten Glanz zu verhelfen. Fünfzig Jahre sind vergangen, seit Merlin den in den Himmel ragenden Festungsmauern von Camelot den Rücken gekehrt hat. Die Pracht Camelots ging nach dem Tod König Artus' verloren, die einst blühenden Ländereien sind in die Hände Rauskaugs gefallen, der Angst und Schrecken verbreitet.

Der Forscher Dr. Daniel Winter hat eine Technologie entwickelt, mit der Zeitreisen möglich werden können, doch die US-Regierung stuft die Experimente als zu gefährlich ein und stoppt das Projekt. Um sein Lebenswerk zu retten, entwendet er die Technologie und flieht. Das FBI unter Agent Caleb startet sofort eine groß angelegte Suchaktion, und Winters Name taucht kurz darauf auf der Passagierliste eines Linienflugzeugs auf. Doch als die Regierung den Befehl zur sofortigen Landung geben will, lässt Dr. Winter mit Hilfe seiner Technologie das Flugzeug in einem Zeitloch verschwinden. Der dadurch ausgelöste Welleneffekt droht die Welt zu zerstören. Ein Wettlauf gegen die Zeit hat begonnen.