Die Veröffentlichung eines "Heilmittels" für Mutanten schreckt die bisher friedlich mit den Menschen lebende Gesellschaft auf. Magneto nimmt das zum Anlaß einen Kriegszug gegen die Menschen zu führen, um endlich die Herrschaft zu erlangen. Doch die X-Men um Professor Xavier versuchen dem Treiben ein Ende zu bereiten, das Gleichgewicht und den Frieden wieder herzustellen.

Die Ausreißerin Rogue, die aufgrund ihrer wachsenden Mutantenkräfte, nämlich die Fähigkeit, durch Berührung die Persönlichkeiten, Erinnerungen und Kräfte anderer Menschen kurzzeitig zu absorbieren, von zu Hause weggelaufen ist, trifft bei ihrer Flucht in Kanada auf den Einzelgänger Logan, der geschärfte Sinne und die Fähigkeit besitzt, eigene Verletzungen in Sekunden zu heilen. Dazu ist sein Skelett vollständig mit einem schier unzerstörbarem Metall (Adamantium) überzogen und mit sechs ausfahrbaren Klauen bewaffnet; Logan kann sich aber nicht erinnern, wann und wo sein Skelett derart behandelt worden ist, noch hat er irgendeine Erinnerung an seine eigene Vergangenheit.

Als die Hauptquartiere der Kingsman zerstört und ihre Welt bedroht werden, führt sie ihre Reise zur Entdeckung einer verbündeten US-Spionageorganisation namens Statesman, die bis in die Tage der Gründung beider Organisationen zurückreicht. In einem neuen Abenteuer, das die Stärke und den Einfallsreichtum der Agenten bis zum Äußersten fordert, verbünden sich die beiden Elite Geheimorganisationen. Sie bekämpfen ihren rücksichtslosen, gemeinsamen Feind, um die Welt zu retten, was für Eggsy langsam zur Gewohnheit wird...