Museums-Nachtwächter Larry Daley muss sich in seinem Job einmal mehr mit einigen übernatürlichen, historischen Komplikationen herumschlagen. Diesmal wird das British Museum in London von dem Spuk heimgesucht. Mit von der Partie sind Daleys alte Freunde Teddy Roosevelt, Miniatur-Cowboy Jedediah, Sacajawea, Attila der Hunne und Pharao Ahkmenrah, dessen magische Tafel für die Erweckung des Museumsinventars überhaupt erst verantwortlich ist. In London trifft Larry Daley auf britische Ikonen wie beispielsweise Sir Lancelot, aber auch auf einen weiteren ägyptischen Pharao. Nicht alle Ausstellungsstücke heißen den neuen Nachtwächter im British Museum willkommen - langweilig werden seine Schichten auch dieses Mal nicht...

Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.

James Howlett verfügt über die seltene Gabe, sich in Wolverine verwandeln zu können. Er ist nicht der einzige, in dem übermenschliche Kräfte stecken. Auch Victor Creed alias Sabretooth hat sie. Beide verbindet eine enge Beziehung, bis Wolverines Freundin durch Victor umkommt. Fortan ist er auf Rache aus und tritt dem Weapon X-Programm bei, um eine lebende Waffe zu werden. Dort lernt er weitere Mutanten kennen.

Australien, kurz vor dem Ausbruch des zweiten Weltkriegs: Lady Sarah Ashley, eine englische Adelige, hat den beschwerlichen Weg von England genommen, um einige Dinge mit ihrem Mann zu klären, die ihre Ehe betreffen. Auf dem fünften Kontinent jedoch gerät sie in einen viel größeren Konflikt als sie es sich erträumt hat. Nachdem mit dem wortkargen Viehtreiber Drover endlich auf der abgelegenen Rinderfarm angekommen ist, ist ihr Mann ermordet worden und der Rinderbaron King Carney will sich die Besitztümer und den Viehbestand einverleiben. Weil ihr Personal zum Teil von Carney gekauft wurde, engagiert sie Drover, um eine große Herde quer durch das australische Outback zu treiben, um Carney sein Monopol zu versauen...

Die Ausreißerin Rogue, die aufgrund ihrer wachsenden Mutantenkräfte, nämlich die Fähigkeit, durch Berührung die Persönlichkeiten, Erinnerungen und Kräfte anderer Menschen kurzzeitig zu absorbieren, von zu Hause weggelaufen ist, trifft bei ihrer Flucht in Kanada auf den Einzelgänger Logan, der geschärfte Sinne und die Fähigkeit besitzt, eigene Verletzungen in Sekunden zu heilen. Dazu ist sein Skelett vollständig mit einem schier unzerstörbarem Metall (Adamantium) überzogen und mit sechs ausfahrbaren Klauen bewaffnet; Logan kann sich aber nicht erinnern, wann und wo sein Skelett derart behandelt worden ist, noch hat er irgendeine Erinnerung an seine eigene Vergangenheit.

Roddy ist ein wahrer Jet-Set-Nager. Klar, dass so ein Männchen von Welt in einem ultraschicken Apartment residiert und zwei Butler beschäftigt. Prompt lesen sie ihm jeden Wunsch von den Schneidezähnen ab, doch leider können auch sie ihn nicht vor seinem unfreiwilligen Abenteuer bewahren. Denn wie es die Toilettenspülung so will, reißt sie ihn eines Tages mit in die dunklen Tiefen von Ratropolis, einer eigenen Stadt unter den Straßen Londons. Doch Roddy landet weich, direkt im Schlauchboot der flippigen Rita. Und da geht das große Abenteuer erst richtig los.