Die Wächter schwärmen aus. Smith klont sich. Neo fliegt... aber vielleicht kann selbst der Auserwählte mit seinen atemberaubenden neuen Fähigkeiten den Angriff der Maschinen nicht mehr aufhalten. Neo. Morpheus, Trinity. Zurück im spannenden zweiten Kapitel der Matrix-Trilogie treffen sie auf außergewöhnliche Verbündete: Gemeinsam bekämpfen sie ihre Gegner, die sich klonen, durch Upgrades immer stärker werden und die letzte Festung der Menschheit belagern.

Als ihr Fürst heimtückisch ermordet wird, bleibt 47 entehrten Ronin (herrenlose Samurai) nur die Verbannung - deshalb wollen sie Rache. Der Krieger Oishi und seine Gefährten sind dabei auf die Unterstützung des Halbbluts Kai angewiesen, müssen ihn aber zunächst aus der Sklaverei befreien. Kai wurde einst vom Fürsten aufgenommen und erzogen und liebt seit langem die Tochter seines Herren. Obwohl die Ronin das Halbblut ihre Abneigung spüren lassen, schließt Kai sich ihrer Gruppe an und steigt schließlich sogar zum Anführer auf. Gemeinsam versuchen sie die Festung des Feindes zu stürmen und die Ehre ihres Fürsten wieder herzustellen. Doch auf dem Weg dorthin müssen sie sich gegen ihre Feinde, zu denen nicht nur Fabelwesen und eine verführerische Hexe zählen, wehren.