Während Peter mit Michelle und Ne auf Klassenfahrt in Europa ist, wird er von Nick Fury rekrutiert. Dieser offenbart ihm, dass Europa von sogenannten "Elementals", Wesen aus Feuer, Wasser und Stein, angegriffen wird. Nun soll Peter zusammen mit einem Mann namens Mysterio gegen diese Wesen kämpfen.

Thanos hat also tatsächlich Wort gehalten, seinen Plan in die Tat umgesetzt und die Hälfte allen Lebens im Universum ausgelöscht. Die Avengers? Machtlos. Iron Man und Nebula sitzen auf dem Planeten Titan fest, während auf der Erde absolutes Chaos herrscht. Doch dann finden Captain America und die anderen überlebenden Helden auf der Erde heraus, dass Nick Fury vor den verheerenden Ereignissen gerade noch ein Notsignal absetzen konnte, um Verstärkung auf den Plan zu rufen. Die Superhelden-Gemeinschaft bekommt mit Captain Marvel kurzerhand tatkräftige Unterstützung im Kampf gegen ihren vermeintlich übermächtigen Widersacher. Und dann ist da auch noch Ant-Man, der wie aus dem Nichts auftaucht und sich der Truppe erneut anschließt, um die ganze Sache womöglich doch noch zu einem guten Ende zu bringen...

Nach seinem Aufeinandertreffen mit den Avengers ist Peter Parker alias Spider-Man wieder zurück in New York, wo er bei seiner Tante May wohnt. Seitdem er mit bzw. gegen die anderen Helden kämpfte, fragt er sich, ob er mit seinen herausragenden Fähigkeiten nicht mehr machen sollte, als nur die freundliche Spinne aus der Nachbarschaft zu sein, die den einen oder anderen Einbruch verhindert und Taschendiebe stoppt. Doch daneben muss der von seinem neuen Mentor Tony Stark geförderte Jugendliche auch noch den Alltag auf die Reihe bekommen, den Alltag als Teenager an einer Highschool, wo er sich in Liz verguckt hat. Blöd, dass ausgerechnet in dieser Situation ein Bösewicht für Unruhe sorgt, der technisch bestens ausgestattet ist und von Rachedurst getrieben: der Vogelmann Vulture ...

Als bei einem Einsatz der Avengers in Lagos zwar der Diebstahl eines biologischen Kampfstoffes verhindert wird, dabei aber mehrere Zivilisten sterben, beschließen die Vereinten Nationen ein neues Gesetz, das die Avengers unter ihre Aufsicht bringen soll. Während Tony Stark alias Iron Man für eine Kontrolle der Superhelden votiert, stimmt Steve Rogers alias Captain America für ihre Unabhängigkeit. Auch die Teammitglieder sind uneinig und verteilen sich auf die beiden Wortführer. Als ein Bombenattentat auf jene UN-Versammlung verübt wird und man als vermeintlichen Schuldigen Steves alten Freund Bucky Barnes, nun als Winter Soldier bekannt, ausmacht, verschärft sich die Lage. Nachdem Steve Anweisungen missachtet und versucht Bucky auf eigene Faust zu stellen, damit dieser bei seiner Verhaftung nicht getötet wird, kommt es zu immer offeneren Animositäten zwischen den Superhelden ...