Es soll lediglich eine Eskorte gefährlicher Sprengköpfe sein, die alles zerstörende Nano-Roboter beinhalten, doch für Captain Hauser und seinen Armeekollegen Weems kommt die Terrororganisation Cobra in die Quere, die nach der Weltherrschaft greift. Die brandgefährliche Baroness versucht im Auftrag des gemeingefährlichen "Doctor", die Sprengköpfe als Druckmittel in die Finger zu bekommen, als eine Spezialeinheit namens "G.I.Joe" unter der Führung von General Clayton "Hawk" Abernathy in letzter Minute eingreift. Einmal in Kontakt mit der Gruppe sehen Hauser und Weems in der mit neuester Kampftechnik ausgestatteten Gruppe eine ganz große Chance und bemühen sich um Beitritt zur Eliteeinheit...

Im Königreich von Izmir ist der Friede in Gefahr. Der böse Magier Profion Jeremy Irons und sein Gefolge tyrannisieren die Bürger und wollen Kaiserin Savina Thora Birch von ihrem Thron stoßen. Diese aber lässt nichts unversucht, um der drohenden Gefahr zu trotzen. Die Situation erscheint aussichtslos, nur mit dem legendären Zepter von Savrille kann Savina den Magier besiegen. Doch das befindet sich an einem schwer zugänglichen Ort und die Reise dorthin birgt viele Gefahren. Verzweifelt bedient sich Savine der Diebe Ridley Justin Whalin und Snails Marlon Wayans. Begleitet von der Fährtenleserin und Fee Norda Kristen Wilson und dem lustigen Zwerg Elwood Lee Arenberg begeben sie sich auf eine abenteuerliche Reise - der Wettlauf gegen das Böse beginnt.