Wir schreiben das späte 21. Jahrhundert. Überall auf der Welt wurden bei den unterschiedlichsten uralten Kulturen, wie den Azteken oder Mesopotamiern, Zeichnungen gefunden, die auf eine Art Sternenkarte hinweisen. Eine Gruppe von Wissenschaftlern unter Leitung von Dr. Elizabeth Shaw soll im Auftrag des Weyland-Konzerns, gegründet vom Visionär Peter Weyland, diesen Zeichen nachgehen, die Shaw als eine Art Einladung deutet. Die Mission, die von Meredith Vickers für den Weyland-Konzern organisiert und überwacht wird, führt das Team und die Crew von Captain Janek an den Rand des Universums und in eine Welt jenseits der Vorstellungskraft. Was sie schließlich finden, ist nicht nur die mögliche Wiege der Menschheit, sondern auch der wahrscheinliche Untergang der menschlichen Rasse.

Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.

Im Schottland des Jahres 117 vor Christus führt der Zenturio Quintus Dias eine Gruppe von Soldaten an, die einen römischen General aus den Händen eines Stammes der Pikten befreien soll. Dabei wird der Sohn des Pikten-Führers getötet, die besten Krieger machen daraufhin unter Führung der tödlichen Fährtenleserin Etain Jagd auf die Römer. Bei einem verheerenden Angriff wird die Legion auf sieben Mann, darunter Quintus, dezimiert. Eine brutale Hatz beginnt.

Wir schreiben das Jahr 480 vor Christus. König Leonidas marschiert mit einer kleinen Armee von loyalen Spartanern auf Thermopylen zu. Dort befindet sich eine hundertausende Soldaten umfassende Übermacht an Persern, die Griechenland erobern wollen. Leonidas gelingt es schließlich, seine Armee mit der der Arkadier zu vereinen und den Angriff der Perser vorerst abzuwehren. Deren König Xerxes bittet Leonidas zu einer Audienz und versucht, ihn zur Kapitulation zu bewegen. Lenonidas lehnt allerdings ab und schlägt auch die nächste Angriffswelle erfolgreich zurück. Als sich die Situation der Spartaner jedoch immer mehr verschlechtert, schickt Leonidas seinen Barden Dilios zurück, um den Griechen von der Schlacht zu berichten. Der König selbst bleibt mit seinen verbliebenen dreihundert Kämpfern zurück, um sich dem wohl endgültig letzten Gefecht zu stellen.