Bei einem Einsatz des IMF im Kreml kommt es zu einem folgenschweren Zwischenfall: IMF-Anführer Ethan Hunt wird Zeuge eines verheerenden Bombenattentats, das der IMF in die Schuhe geschoben wird. Die Regierung verleugnet die Elite-Abteilung und initiiert das Phantom-Protokoll, ihr einziger Kontakt zur Kommandostruktur wird ermordet. Mit seinen Leuten geht Ethan in den Untergrund, um auf eigene Faust den Drahtzieher zu stellen. Die Spur führt nach Dubai, wo sie dem undurchschaubaren Hendricks auf die Schliche kommen.

Arn Magnusson wächst, nach schwerer Krankheit als Kind, unter der Obhut von Möchen auf. Dort wird er in das Kriegshandwerk eingewiesen, lernt jedoch auch den Kodex der Tempelritter kennen. Am Ende seiner Ausbildung kehrt er zu seiner Familie zurück um dort das weltliche Leben zu erfahren. Er verliebt sich sehr bald in die schöne Cecilia, die aus politischen Gründen jedoch anderweitig versprochen ist. Wegen einer Intrige werden Cecilia und Arn zur einer Busse von 20 Jahren im Kloster verurteilt. Arn jedoch wird wegen seiner Ausbildung als "Soldat Gottes" in das Heilige Land geschickt...