Peter Parker ist ein Außenseiter, der als kleiner Junge von seinen Eltern verlassen worden ist und seitdem von seinem Onkel Ben und Tante May aufgezogen wird. Wie die meisten Teenager, versucht Peter herauszufinden, wer er ist und wie er zu der Person geworden ist, die er heute ist. Außerdem findet er seine erste High School Liebe, Gwen Stacy. Gemeinsam kämpfen die beiden um Liebe, Hingabe und Geheimnisse. Als Peter einen mysteriösen Aktenkoffer entdeckt, der einst seinem Vater gehört hat, fängt er damit an, Nachforschungen anzustellen, weil er verstehen will, warum seine Eltern damals so plötzlich verschwunden sind. Seine Recherchen führen ihn direkt zu Oscorp und dem Labor von Dr. Curt Connors, dem ehemaligen Partner seines Vaters. Nachdem Spider-Man sich auf einen Kollisionskurs mit Connors Alter Ego The Lizard begeben hat, muss Peter einige lebensverändernde Entscheidungen treffen, wie er seine Kräfte einsetzt. Und er formt sein Schicksal, ein Held zu sein.

Nachdem Sam Witwicky die Welt mit Hilfe der gutmütigen Autobots vor den bösartigen Decepticons gerettet hat, freut er sich auf ein normales Leben. Als er aufs College geht, lässt er nicht nur Freundin Mikaela zurück, sondern auch Roboter-Kumpel Bumblebee. Doch bald wird Sam von seltsamen Visionen heimgesucht. Erneut steht ein Kampf der außerirdischen Roboter bevor, bei dem das Schicksal der Menschheit auf dem Spiel steht. Sam scheint den Schlüssel zu ihrer Rettung in der Hand zu halten, doch diesmal bekommen es er, Mikaela und die Autobots mit einem noch mächtigeren Gegner zu tun...

Eigentlich könnte alles wunderbar laufen für Peter Parker, seit er seiner Freundin Mary Jane Watson seine Geheimidentität "Spiderman" offenbart hat. Doch am Horizont zeigen sich bald neue dunkle Wolken, als der Ausbrecher Flint Marko durch einen Unfall in den geheimnisvollen "Sandman" verwandelt wird, einen Mutanten, der seine Moleküle verändern kann. Peter ist bald persönlich betroffen, denn offenbar hat Marko etwas mit dem Mord an seinem Onkel zu tun. Doch es zeigt sich neues Unheil: eine außerirdische schwarze Substanz ergreift von Peter Besitz, die seine dunkle, machtstrebende Seite zum Vorschein bringt.