Die Biene Barry B. Benson hat gerade ihre Ausbildung abgeschlossen und steht nun vor einem nicht gerade abwechslungsreichen Arbeitsleben als Honigfachkraft. Bei einem Ausflug ausserhalb des Bienenstocks rettet ihm die New Yorker Floristin Vanessa das Leben. Als er herausfindet, dass Menschen tatsächlich Honig essen, zieht er vor Gericht ...

Nachdem sie ihren größten Feind Shredder in die Schranken gewiesen haben, leben sich die vier Ninja-Turtles zunehmend auseinander. Als der Großindustrielle Max Winters damit beginnt, eine Armee von Monstern um sich zu scharen, muss Meister Splinter seine Schützlinge Donatello, Raphael, Michelangelo und Leonardo wieder vereinen, um nicht nur New York, sondern die ganze Welt zu retten.