Die Menschheit hat sich gerade von der großen Schlacht zwischen Autobots und Decepticons auf unserem Planeten erholt. Alle Transformers sind vom Antlitz der Erde verschwunden, doch geldgierige und mächtige Geschäftsmänner und Wissenschaftler hoffen von ihrer Hinterlassenschaft profitieren zu können. Sie experimentieren mit der Technologie der Transformers - weit über ein Maß hinaus, das sie kontrollieren können. Gleichzeitig hat ein alter und mächtiger Transformer von weit her, sein Augenmerk auf die Erde gerichtet, die er versklaven will. Ein neuer Kampf um die Freiheit der Menschen beginnt...

Spock ist tot! Die Stimmung unter seinen früheren Freunden ist entsprechend gedrückt. Auch Pille nimmt sich den Tod seines liebsten Diskussionspartners schwer zu Herzen, trotzdem verwundert es Kirk sehr, als er ihn in Spocks Kabine ertappt und ausgerechnet er sich genauso wie der tote Vulkanier benimmt. Kirk erfährt von Spocks Vater Sarek, dass Spock versucht haben muss, vor seinem Tod seinen Geist in jemand anderes zu übertragen - in McCoy? Tatsächlich finden Saavik und Kirks Sohn David Marcus, die beide auf dem Planeten Genesis zurückgeblieben sind, Spocks leeren Sarg und entdecken in der Nähe ein vulkanisches Kind ohne Gedächtnis, das rasant heranwächst...