Manny, Diego und Sid erleben ihr bisher größtes Abenteuer, als ein Kataklysmus gewaltige Stücke ihres Kontinents in den Ozean abdriften lässt. Vom Rest der Herde getrennt, nutzen sie einen Eisberg als notdürftigen Schiffersatz. Dabei begegnen die Freunde allerlei exotischen Meeresbewohnern und bekämpfen rücksichtlose Piraten.

Scrat ist ein Rattenhörnchen und lebt in der Eiszeit. Als er nach einem geeigneten Ort sucht, um seine Eichel zu vergraben, findet er im Eis eine Zeitmaschine, die durch einen Wissenschaftler aus der Zukunft, dessen Skelett im Eis vergraben ist, in die Vergangenheit gelangt ist. Als Scrat die Zeitmaschine berührt, schickt sie seine Nuss in eine andere Zeit. Er gerät in Panik und berührt die Zeitmaschine ein weiteres Mal, wodurch sie auch ihn in die andere Zeit bringt. Jedes Mal, wenn in einer Zeit eine Gefahr auf ihn lauert oder wenn ihm die Zeit nicht gefällt, versetzt er der Zeitmaschine einen Tritt und er landet in einer anderen fremden Zeit.