Ein Jahr nach den Ereignissen des ersten Teils ist der "Nephilim" (halb Mensch und halb Engel) Aaron noch immer auf Reisen durchs Land, wobei er gefallene Engel erlöst, die seinen Weg kreuzen. Als Aaron eine nahegelegene Universität besucht, stößt er auf einen obsessiven Professor. Durch die Diskussion mit ihm stellt Aaron nun seine Aufgabe in Frage. Denn auch wenn jemandem etwas prophezeit wurde, die endgültige Entscheidung, ob man diesem Weg folgt, muss jeder selbst fällen. Aaron weigert sich nun vorerst, weitere gefallene Engel in den Himmel zurückzuschicken, bis er mehr Antworten erhält. Der Professor hält einen anderen Nephilim in seinem Haus gefangen. Dieser Nephilim stellt sich als Vilma Rodriguez, Aarons alte High-School-Liebe heraus. Aaron rettet Vilma, doch im Zuge dessen werden die bösen Mächte erneut auf ihn aufmerksam. Um ihn zu retten, muss Camael sein Leben riskieren und wird gefangen genommen.

Die Zylonen wurden vom Menschen erschaffen. Sie rebellierten. Es gibt viele Kopien. Und sie haben einen Plan. Ursprünglich war es die Bestimmung der Zylonen, der Menschheit als willenlose Roboter zu dienen. Doch dann rebellierten sie und entwickelten sich weiter. Mittlerweile sehen sie genauso aus wie ihre Schöpfer. Ihr Plan ist einfach und radikal - die Gattung Mensch auszurotten, von der sie einst versklavt wurden. Der verheerende Großangriff der Maschinenwesen hat nur einen Fehler: Es gibt Überlebende, denen die Flucht in die Tiefen des Weltraums gelingt. Um ihren Plan doch noch zu verwirklichen, müssen die Zylonen improvisieren. Zwei ihrer mächtigsten Anführer gehen getrennte Wege, um die letzten Menschen aufzuspüren und gnadenlos auszulöschen.