1957 in der Wüste Nevadas, der Kalte Krieg ist in vollem Gange und Indiana Jones den Russen in die Hände gefallen. Indy gelingt die Flucht, doch die Russen - unter der Führung von Irina Spalko, Stalins Lieblingsagentin und ihres Zeichens Parapsychologin, - entwenden ein mysteriöses Skelett, das offenbar in Verbindung mit dem Verschwinden von Indys altem Freund und Kollegen Harold Oxleys steht, der in Peru verschollen ist. Gemeinsam mit Oxleys Ziehsohn Mutt macht sich Indy im Dschungel des Amazonas auf die Suche nach dem legendären Kristallschädel, dem magische Kräfte nachgesagt werden und der Oxley offenbar in den Wahnsinn getrieben hat. Eine Schatzsuche auf Leben und Tod beginnt.

Unschuldig wird der junge Stanley zu 18 Monaten Umerziehung im Straflager Camp Green Lake verurteilt, wo er und seine Mithäftlinge Löcher graben müssen. Unerbittlich wacht die eiskalte Campleiterin Walker, die einen vergrabenen Schatz finden will, zusammen mit dem ebenso herzlosen Aufseher Mr. Sir über die Plackerei der Jugendlichen. Langsam freundet sich Stanley mit dem Außenseiter Zero an, der dennoch nicht verhindern kann, dass dieser zu fliehen versucht. Es beginnt eine dramatische Jagd mit überraschendem Ausgang.

Zwei außerirdische Roboterrassen, die den Menschen gut gesinnten Autobots und die zerstörerischen Decepticons, kommen auf die Erde und tragen dort ihren Kampf gegeneinander aus. Es stellen sich ihnen nur wenige mutige Menschen in den Weg - wie Teenager Sam, der zum Geburtstag einen Autobot "geschenkt" bekam. Zusammen mit dem Militär, einigen Zivilisten und seiner Freundin Mikaela beginnt ein verzweifelter Kampf ums Schicksal der Menschheit...