Im Kampf gegen das Böse kann es nur einen geben: Halbdämon Hellboy! Mit geschärftem Schwert, glutroten Hörnern und legendärer Eisenfaust hat er diesmal eine ganz besonders apokalyptische Mission: Er muss die mächtige Hexe Nimue und das Monster Gruagach stoppen, die zusammen mit einer Reihe weiterer mythischer Wesen, Tod und Zerstörung unter die Menschen bringen wollen. Doch dafür brauchen sie Hellboy. Denn seine Bestimmung war einst, selbst den Weltuntergang zu starten - bis sein Ziehvater Professor Broom ihn auf die gute Seite holte und als Spezial-Agent gegen die Monster dieser Welt einsetzte. Während Hellboy nun von Broom für einen Auftrag nach London geschickt wird, zieht Nimue eine Schneise der Verwüstung durch ganz England. Und plötzlich sehen sich Hellboy und seine Mitstreiter Anna und Ben nicht nur mit einer Armee der Finsternis konfrontiert, sondern auch mit ureigenen Dämonen. Die blutrote Schlacht kann beginnen!

Die Existenz der Erde wird von einem Schwarzen Loch bedroht, das weltweit Naturkatastrophen auslöst. Während bereits eine Flotte von Raumtransportern bereit steht, um die Menschheit auf einen anderen Planeten zu bringen, wagt sich ein Team von Wissenschaftlern in den südamerikanischen Dschungel, um dort in einem Tempel der Maya zwölf magische Kristallschädel zu finden. Denn diese Artefakte sollen in der Lage sein, die Erde vor dem Untergang bewahren.

Eine gesamte Stadt wird von den Winden, die rasend schnell an Stärke zunehmen, dem Erdboden gleichgemacht. Nicht einmal das modernste Wetterüberwachungsflugzeug, die Weather One, kann mit seinen starken Magnetfeldern die Jet Streams kontrollieren. In Spokane im Bundesstaat Washington sieht derweil Wetterexperte Doktor Steve Sunny Simpson seine Theorie von dem merkwürdigen Wetterphänomen bestätigt. Alarmierend sind die Berichte von den bis zu 800 km/h schnellen Jetstreams, die sonst nur in der oberen Stratosphäre auftreten. Doch weder die TV-Sationen noch die nationalen Wetterexperten wollen ihm glauben. Erst als ein weiterer Sturm die Interstate Brücke zwischen Portland und Vancouver auseinander reißt, schenkt ihm die Sturmwissenschaftlerin Debbie Angel Boe Glauben. Zusammen wollen sie an Bord der Weather One gelangen, um die drohende Sturmkatastrophe aufzuhalten...