Thor und Loki kehren in ihre Heimat Asgard zurück, wo Göttervater Odin darüber entscheidet, wie mit dem adoptierten Prinzen verfahren werden soll. Währenddessen erhebt sich eine andere Macht in einem der 9 Realms. Der Dunkelelf Malekith scharrt eine Armee uralter Wesen und Monster um sich, mit denen er nicht nur Asgard, sondern den ganzen Kosmos bedroht. Der Donnergott trifft in Thor 2: The Dark Kingdom auf seine Angebetete Jane, die von einem Dämon besessen ist, dessen Verbingung mit den Dunkelelfen sehr nahe liegt. Thor muss also nicht nur seine Menschenfreundin retten, sondern auch eine eigene Streitkraft zusammenstellen, mit der er Malekith besiegen kann. Dafür muss er in die düstersten Ecken Asgards vordringen, wobei ihm jedoch nur eine Person helfen kann: Loki.

Die junge Lehrerin und Hobby-Archäologin Alice Tanner stößt in einer Höhle in Südfrankreich auf zwei Skelette, eine Wandmalerei mit einem Labyrinth und einen Ring. Als sie sich den Ring überstreift, scheint sie auf seltsame Weise in die Ereignisse verstrickt zu werden, die hier vor 800 Jahren stattgefunden haben. Damals rettete die junge Alaïs Pelletier ein mysteriöses Buch, das den heiligen Gral beschützte, vor skrupellosen Kreuzrittern. In der Gegenwart ist ein mächtiger Geheimbund hinter Alices Entdeckung und dem legendären Gral her. Es wird immer deutlicher, dass die Schicksale der beiden Frauen über die Jahrhunderte hinweg eng miteinander verflochten sind.

Der junge Reporter Tim ist immer auf der Suche nach einer guten Story. Mit seinem treuen Begleiter Struppi, einem gewitzten Foxterrier, bereist er die entlegendsten Winkel der Erde und scheut sich vor keiner noch so großen Gefahr, um an Material für seine neuesten Reportagen zu kommen. Auf einer ihrer zahlreichen Recherchetouren treffen Tim und sein Gefährte auf den raubeinigen Kapitän Haddock. Der permanent betrunkene Seefahrer berichtet dem Duo von einem Schatz seines Vorfahren Frantz Ritter von Hadoque. Jener sei zusammen mit dem Schiff Hadoques untergegangen, nachdem es vom gefürchteten Piraten Rackham dem Roten angegriffen wurde. Gemeinsam begeben sich die Drei auf die abenteuerliche Reise in die Karibik, wo sie den verschollenen Schatz vermuten. Außerdem dabei: die beiden zum Verwechseln ähnlichen Detektive Schulze und Schultze, die aufgrund ihrer tolpatschigen Art für ständigen Schlamassel sorgen.

Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.