Ein hochmodernes Düsenverkehrsflugzeug wird von Terroristen entführt. Als die US-Präsidentin Franklin davon erfährt, stellt sich heraus, dass ihr Bruder Joe Franklin als Pilot dise Maschine fliegt. Die Präsidentin sieht sich plötzlich mit einer unmenschlichen Situation konfrontiert: Lässt Sie das Flugzeug kontrolliert abschießen, um die Sicherheit der USA zu gewährleisten oder versucht sie eine andere, möglicherweise viel riskantere Lösung zu finden, damit ihr Bruder die Situation eventuell unbeschadet übersteht. Wie weit kann die Secret Service Agentin Gina Vitale, die ebenfalls als Passagierin an Bord ist, ihr bei dieser Entscheidung behilflich sein?

In einer alternativen Realität, gegen Ende der 1930er Jahre: New York wird von einer Welle von Angriffen durch gigantische Flugroboter überschwemmt, während überall auf der Welt Top-Wissenschaftler verschwinden. Die Reporterin Polly Perkins, die dem mysteriösen Wissenschaftler-Schwund auf den Grund zu gehen versucht, schließt sich mit ihrem Ex Joseph "Sky Captain" Sullivan und der liebreizenden Captain Franky Cook zusammen, um in Nepal dem bösen bösen Dr. Totenkopf das Handwerk zu legen, dessen Ziel - selbstverständlich - die Vernichtung der Welt ist.