Im Jahr 1885 kehrt der "Indianer" Samuel Jones nach 20 Jahren zu seiner inzwischen erwachsenen Tochter Maggie Gilkeson nach New Mexico zurück, wo er nicht willkommen ist, da er sie und ihre tote Mutter damals verlassen hat. Das ändert sich, als Maggies Lebensgefährte Brake von einer marodierenden Gruppe unter der Leitung des indianischen Zauberers Chidin umgebracht und ihre Tochter Lily entführt wird, um in Mexiko verkauft zu werden. Gemeinsam mit der kleineren Tochter Dot nehmen sie die Verfolgung in dem wilden Land in einem Rennen gegen die Zeit auf...

Obwohl sie als Abtrünnige gelten, kehrt die Mannschaft der U.S.S. Enterprise zur Erde zurück. Sie stellen sich der Anklagen für die Taten, die sie im Laufe von Spocks Rettung begangen haben. Während sie noch im Anflug sind, wird die Erde von einer außerirdischen Sonde verwüstet. Sie verlangt Antwort von einer Lebensform, die nicht länger existiert. Kirk und seine Crew begeben sich an Bord eines gekaperten klingonischen Bird of Prey auf eine Reise durch Raum und Zeit, um die Erde zu retten. Sie entdecken dabei die wahre Bedeutung von Freundschaft wieder.