Die Men in Black haben die Erde seit jeher vor dem Abschaum des Universums beschützt. Diesmal sehen sie sich jedoch mit ihrer bisher größten Bedrohung konfrontiert: Einem Maulwurf in ihren eigenen Reihen!

Nach den Ereignissen in dem Themenpark Jurassic World auf der Insel Isla Nublar können die Dinosaurier seit vier Jahren frei leben, bis ein Vulkanausbruch ihre Existenz bedroht. Die frühere Parkmanagerin Claire Dearing hat nun die Dinosaur Protection Group (DPG) gegründet - eine Organisation zum Schutz der Dinosaurier. Sie engagiert Owen Grady, einen ehemaligen Dinosaurier-Trainer, welcher beim Park gearbeitet hatte, um ihr zu helfen, die restlich verbliebenen Dinosaurier von der Insel zu retten. Owen will außerdem Blue ausfindig machen, die letzte Überlebende der vier Raptoren, die er einst trainiert und großgezogen hatte. Außerdem bricht ein neu geschaffener Gen-Hybrid namens Indoraptor aus.

Das kleine Waisenkind Sophie wird eines Mitternachts, zur Geisterstunde, wach und sieht zufällig eine riesige Gestalt auf der Straße, wie sie etwas in die Zimmer anderer bläst. Doch Sophie wird bemerkt und daraufhin entführt die rätselhafte Gestalt das kleine Mädchen. Zu ihrer Erleichterung stellt Sophie jedoch fest, dass der Riese ihr freundlich gesonnen ist und er verrät ihr, dass er den schlafenden Menschen schöne Träume in ihre Zimmer bläst. Doch damit steht der Riese alleine da. Denn es gibt weitere, noch größere von seiner Sorte im Riesenland und die fressen nichts lieber als Menschen. Dagegen muss etwas unternommen werden und so beschließen Sophie und der Riese die Königin von England um Hilfe zu bitten. Weitere Verstärkung bekommen sie von dem König von Schweden und dem Sultan von Bagdad, deren Länder bereits von den bösen Riesen heimgesucht worden sind und gemeinsam nehmen sie den Kampf auf.