20 Jahre ist es her, dass Aliens die Erde attackierten und die Hälfte der Bevölkerung auslöschten. Vor allem der mutigen Mission des Piloten Steven Hiller und des Satellitentechnikers David Levinson verdanken wir es, dass die Außerirdischen 1996 besiegt wurden - tragischerweise kam Hiller dann 2007 ums Leben, als er einen Alien-Hybrid-Fighter testete. Und 2016 wird er umso mehr vermisst, als sich die Warnung des Ex-Präsidenten Whitmore bewahrheitet und die Außerirdischen einen neuen, noch verheerenden Angriff starten! Die Menschheit, die in bis dato nie gekannter Einigkeit ein mit Alien-Technologie erweitertes Verteidigungssystem schuf, steht vor ihrer größten Herausforderung. Die Hoffnungen ruhen auf den jungen Kampfpiloten Jake und Dylan, dem Sohn des verstorbenen Steven Hiller...

Euphorisiert vom Comeback und den Plänen ihres Managers Fieslinger begeben sich die Muppets auf Europatour. Sie ahnen nicht, dass ihr liebenswerter grüner Anführer durch den gefährlichsten Froschgangster der Welt ersetzt wurde. Während der russische Doppelgänger mit Fieslinger Raubzüge in Europas Metropolen durchführt, landet Kermit im sibirischen Gulag. Doch auch hier findet Kermit neue Freunde, während einige seiner alten von den Muppets zunehmend misstrauisch über den anderen, plötzlich sehr sonderbaren Kermit werden.