Nachdem Thomas (Dylan O'Brien) dem Labyrinth entkommen ist und die Brandwüste durchquert hat, sind die Abenteuer für ihn und seine Freunde noch längst nicht ausgestanden. Ein Jahr ist vergangen. Inzwischen haben er, Newt (Thomas Brodie-Sangster), Minho (Ki Hong Lee) und Teresa (Kaya Scodelario) so einiges in Erfahrung gebracht. Sie wissen nun, dass sie Teil eines groß angelegten Experiments waren, mit dem die Organisation Wicked ein Heilmittel für die weltweit ausgebrochene Seuche namens Der Brand finden wollte, die Menschen in tollwütige Bestien verwandelt. Thomas gehört zu den wenigen Personen, die gegen den letztendlich tödlich endenden Virus immun sind, und so fällt es nun ihm zu, den Verfall der Menschheit aufzuhalten.

2003 im Irak: Kurz nach der Eroberung Bagdads durch die USA rückt der US-Armee-Offizier Roy Miller mit seinem Team an, um die besetzten Gebiete zu kontrollieren. Diese abgesicherte "Green Zone" müssen sie bald darauf verlassen, um einer Spur nachzugehen, die sie zu Massenvernichtungswaffen führen soll. Doch die Fährte führt in eine Sackgasse: Sie stoßen nur auf Sprengfallen. Nach und nach stellt Roy Miller mit sein Team fest, dass sie nur Marionetten in einer ausgefeilten Verschwörung sind.