Eine Gruppe junger Soldaten, darunter Michael (Bug Hall), Wally (Donnie Jeffcoat), Archie (Sean McGowan), Burt (Chris Owen), Philly (Edward Finlay) und Charlie (Manu Intiraymi), fliegt während des zweiten Weltkriegs mit ihrer Flugzeugstaffel einen Angriff auf Italiens Hauptstadt Rom. Dabei ist der wichtigste Bestandteil der Staffel ohne Zweifel der berühmte B52-Bomber, auch 'Flying Fortress' genannt. Diese mächtige Waffe vermag es, den Krieg für die Vereinigten Staaten und die Alliierten zu entscheiden. Doch die Effizienz des Flugzeugs ist allein vom funktionierendem Zusammenspiel der jungen Crew abhängig. Wie werden sich die frischen Soldaten in dieser beispiellosen Ausnahmesituation verhalten?

Storm Trooper spielt in naher Zukunft in einem Polizeistaat. Grace (Carol Alt) gewährt einem Flüchtling Unterschlupf, der von einem Trupp Special Agents verfolgt wird, die den Auftrag haben, ihn zu töten.