Ein U-Boot ist im Marianas-Graben verloren gegangen. Darum wird ein weiteres U-Boot losgeschickt, das den Verbleib des verschwundenen Schiffs klären soll. Doch nach dem ersten Kontakt werden Commander Farragut und seine Crew gefangen genommen. Sie erwachen auf der Nautilus, dem U-Boot des wahnsinnigen Genies Nemo. Nemo ist es Leid mit anzusehen, wie die Menschheit die Erde verwüstet. Er will der Menschheit unter Wasser in einer perfekten Gesellschaft eine neue Zukunft schenken. Doch dazu benötigt er ein Gerät, in dessen Besitz Lt. Aronnax ist. Nur mit ihm kann er Atlantis wiederauferstehen lassen ...

Die Film beginnt mit kurzen Ausschnitten aus H. G. Wells War of the Worlds, wobei der Astronom George Herbert, die Hauptfigur des Films, eine Einführung spricht, in der er unter anderem die erste Invasion und deren Folgen erklärt. Anschließend wird gezeigt, wie zwei Jahre später wieder einige Tripoden, Kampfmaschinen der Marsianer, in einer kleinen Stadt landen und einige Menschen entführen. Danach werden George und Alex Herbert gezeigt, die in einer aus Müll zusammengebauten Hütte leben. Der Astronom George wird zu einem Stützpunkt der US-amerikanischen Armee gebeten, wo ihm eine neu aufgebaute Raumflotte gezeigt wird, die aus teilweise automatisch gesteuerten, auch für die Raumfahrt geeigneten Lockheed Martin F-22 Düsenjets mit optionalem Raketenantrieb besteht und auf marsianischer Technik basiert.