Auf der Erde sind im 26. Jahrhundert 300 Jahre nach dem großen Krieg die gesellschaftlichen Systeme zerfallen. Bei seiner Suche nach Cyborg-Technologie rettet der mysteriöse Wissenschaftler Dr. Ido aus einem Schrotthaufen eine weibliche Cyborg. Er flickt die künstliche Frau, deren Körper bis auf ihr menschliches Gehirn aus Maschinenteilen besteht, wieder zusammen, und wird zu einer Art Ersatzvater für sie. Doch Alita ist ein gefährliches Wesen. Sie kann sich nicht erinnern, wer sie ist oder woher sie kommt. Dr. Ido jedoch glaubt, dass sie diejenige ist, die den Kreislauf von Tod und Zerstörung, der von Tiphares zurückgelassen wurde, durchbrechen kann. Um ihrer wahren Bestimmung zu folgen, muss Alita kämpfen und töten. Als ein Geschenk des Himmels ist sie doch auch ein Engel des Todes.

In einem vom Krieg zerrissenen Land lebt jeder der weit verstreuten Stämme in Angst vor der Vernichtung - denn Krieger ziehen raubend und mordend von Dorf zu Dorf. Einer dieser Krieger (William Levy) muss die Grausamkeit am eigenen Leibe erfahren: Als er bei einer Schlacht schwer verwundet wird, lassen ihn seine eigenen Leuten im Stich. Zera (Serinda Swan), eine mystische und mysteriöse Prinzessin, findet und heilt ihn. Denn eine uralte Prophezeiung besagt, dass er der Auserwählte sei, der Zeras Stamm in die letzte, entscheidende Schlacht führen wird. Der Krieger entscheidet sich, bei dem Stamm, der ihm das Leben gerettet hat, zu bleiben und die einfachen Männer des Dorfes zu Kämpfern auszubilden. Im Laufe der Zeit wird er einer von ihnen. Doch als das Dorf überfallen wird, haben die Männer keine Chance ... nur der Krieger überlebt und schwört Rache!