Falling Skies erzählt die Geschichte einer Invasion von Außerirdischen (Skitter und Mechs genannt) und folgt einer Gruppe von Überlebenden. Im Laufe der Invasion haben die Außerirdischen die Menschheit stark dezimiert und zu Sklaven umfunktioniert. Ziel der Aufklärungsgruppe rund um den Militärhistoriker und Vizebefehlshaber der Widerstandszelle "Die Zweite Massachusetts" Tom Mason ist das Sammeln von Informationen und vor allem das In-Erfahrung-Bringen der Pläne der Außerirdischen.

Als während eines Raubüberfalls in einem Lebensmittelladen in Detroit ihre Ziehmutter scheinbar zufällig ermordet wird, vereinen sich die vier ungleichen Adoptivbrüder Bobby, Angel, Jeremiah und Jack aufs Neue. Der Täter ist schnell ausfindig gemacht - doch genauso schnell müssen sie feststellen, daß in ihrer alten Heimat ein ganz neuer Wind weht. Gefangen in einem Netz aus Lügen, Gewalt und Korruption scheint ihre Lage aussichtslos. Für die vier, die jetzt erkennen, daß sie - obwohl nicht blutsverwandt - weit mehr verbindet als angenommen, beginnt ein erbarmungsloser Rachefeldzug gegen die ganze Stadt.

Sam Decker ist ehemaliger Soldat und unterrichtet nun an einer Schule für sozial benachteiligte und schwer erziehbare Jugendliche. Als ihm ein lukrativer Job angeboten wird, will er die Schule verlassen und beaufischtigt ein letztes Mal Schüler, die nachsitzen müssen. Doch als Terroristen in die Schule eindringen, um sie als Operationszentrale zu nutzen, muss er den Lehrplan ändern und mit Hilfe seiner Schüler ums Überleben kämpfen.