Der wortkarge, glatzköpfige Mann ist ein namensloser Auftragskiller, ein Hitman. Agent 47 wird er deshalb genannt, weil das die letzten zwei Zahlen des Barcodes sind, die er als Tätowierung hinten auf seinem Kopf trägt. Die Markierung kennzeichnet ihn als einen der genetisch veränderten Auftragsmörder, die zur absoluten Elite auf ihrem Gebiet gehören. Sein neuster Auftrag setzt Agent 47 auf eine junge Frau namens Katia van Dees an, die auf der Flucht ist. Anstatt sauber über die Bühne zu gehen, entpuppt sich die Mission jedoch als äußerst schwierig. Der sonst so routinierte Hitman wird mit Enthüllungen bezüglich seiner Vergangenheit konfrontiert, die mit seinem Opfer in unmittelbarem Zusammenhang stehen. Auf einmal gerät er selbst in Gefahr und muss sich gegen Gegner wie den gefährlichen John Smith zur Wehr setzen.

März 1944. Feldmarschall Erwin Rommel ist als Oberbefehlshaber der Heeresgruppe B an der französischen Atlantikküste stationiert, wo die Wehrmacht sich auf die erwartete Invasion der Alliierten vorbereitet. In Rommels Augen hängen die militärischen Erfolgsaussichten davon ab, dass die alliierten Truppen schon bei der Landung zurückgeschlagen werden können. Die Lage scheint aussichtslos zu sein.

Der Bibelforscher Bachmann wird vor den Augen seiner Tochter Johanna ermordet. Zusammen mit dessen Assistent Simon, einem französischen Religionswissenschaftler, macht sich die junge Polizistin auf die Suche nach dem Mörder ihres Vaters. Dabei stoßen sie auf die Spur des geheimnisvollen Bibelcodes, von dem behauptet wird, dass damit die Zukunft der Menschheit prophezeit werden kann. Verfolgt von dem mächtigen Kardinal Rhades geraten Johanna und Simon im Vatikan in ein Mordkomplott gegen den Papst Doch nicht allein sein Leben ist in Gefahr - Die Existenz der Menschheit steht auf dem Spiel. Um die Pläne des Kardinals zu verhindern, wird es um so dringender, den Schlüssel zum Bibelcode tatsächlich zu finden. In einem Kloster entdecken sie den letzten wichtigen Hinweis, der sie in die israelische Wüste führt. Dort kommt es zu einem gnadenlosen Wettlauf um eines der letzten großen Geheimnisse der Christenheit ...