Die humanoiden Schildkröten Leonardo, Michelangelo, Raphael, Donatello und ihr Meister, die humanoide Ratte Splinter, kämpfen gegen den bösen Shredder und seine Armee von Foot Soldiern. Unterstützt werden sie dabei von der furchtlosen Journalistin April O'Neil und ihrem Kameramann Vern Fenwick. Ihre wichtigsten Waffen sind dabei nicht nur ihre Ninja-Ausbildung samt Waffengebrauch, sondern auch ihr Witz und ihre tiefe brüderliche Verbundenheit, sowie die Energie, die sie aus ihrem täglichen Pizzaverzehr ziehen.

Gerade aus dem Vietnamkrieg heimgekehrt, muss Frank Vega feststellen, dass man ihn in den USA nicht gerade mit offenen Armen empfängt. So hat ihn seine Freundin für einen anderen verlassen und auch sonst scheint man für einen Vietnamveteranen relativ wenig übrig zu haben. Ohne Job und Freundin verwahrlost Vega immer mehr, bis er schließlich auf der Straße landet und dort auch die nächsten 40 Jahre lebt. Alles ändert sich jedoch, als Frank Vega eines Tages in einem Linienbus einer von Skinheads bedrohten Dame beisteht und die Angreifer mit ein paar gezielten Schlägen zur Flucht zwingt. Vega wird zum gefeierten Lokalhelden, doch das Glück ist nur von kurzer Dauer, denn kurz nach seiner Heldentat wird Vegas bester Freund umgebracht. Als die Polizei beschließt, keine Ermittlungen in die Wege zu leiten, beginnt der Ex-Soldat kurzerhand selber für Gerechtigkeit zu sorgen.