1945 wird Captain Charles Butler McVay (Nicolas Cage), Befehlshaber der USS Indianapolis, mit einer heiklen Mission betraut. Sein Schiff soll Bestandteile einer Atombombe transportieren. Um die USS Indiapanolis nicht zum Ziel japanischer Angriffe zu machen, werden sowohl Route als auch Fracht des Schiffes unter Verschluss gehalten, damit keine Informationen an den Feind durchsickern können. Dennoch versenkt am 30. Juli 1945 ein japanischer Torpedo das Schiff, das seine Ladung inzwischen ausgeliefert hat. Der Besatzung, die sich gerade so ins offene Meer retten kann, eilt jedoch lange niemand zu Hilfe, da die Mission der Indianapolis nur sehr wenigen Marinedienststellen überhaupt bekannt war. Im kalten Wasser werden die Matrosen und Soldaten schnell Opfer von Erschöpfung, Dehydrierung und Haien - und Charles Butler McVay muss sich später vor einem Militärgericht verantworten.

Eine mysteriöse Flotte taucht auf und beginnt die Erde zu attackieren. Der Eindringling ist unbekannt und sehr stark. Die einzige Hoffnung der Menschheit ist die Crew der USS Iowa - unter der Leitung von Captain Winston und General McKraken. Denn das Schiff ist nach der Erstattacke der Fremden das letzte amerikanische Kriegsschiff, das es noch mit den schier unbesiegbaren Streitmächten aufnehmen kann. Die Zukunft der Menschen liegt in ihrer Hand.